Vlády, vědecké kruhy a výzkumná pracoviště se aktivně zapojují do boje proti COVID-19, a to s využitím moderních technologií a inovativních řešení.
Byly vytvořeny nástroje s otevřeným zdrojovým kódem, přičemž mnohé z nich stále procházejí testováním, s cílem podpořit snahy o minimalizaci dopadů tohoto nebezpečného viru.
Řada projektů s otevřeným zdrojovým kódem již funguje a pomáhá výzkumníkům lépe porozumět nemoci, identifikovat její šíření, předcházet dalšímu rozmachu a minimalizovat další případy nákazy i úmrtí. Mnoho z těchto projektů je dostupných na Education Ecosystem, kde najdete podrobný popis, jak tyto rozmanité nástroje efektivně používat.
Tento text se zaměřuje na některé z open source nástrojů a knihoven, které jsou využívány při monitorování, prevenci, omezování, diagnostice a léčbě COVID-19.
Sledovací mapa COVID-19
V lednu zahájilo Centrum pro systémovou vědu a inženýrství JHU společně s globální mapou sledování COVID-19, která se rychle etablovala jako mezinárodně uznávaný zdroj dat o dynamickém vývoji pandemie v reálném čase.
Tato mapa, s otevřeným zdrojovým kódem, byla klíčová pro podporu výzkumu a vizualizace dat, kterou hojně využívaly přední mediální organizace, menší spolky i lokální samosprávy.
DXY-COVID-19-Crawler
Projekt DXY-COVID-19-Crawler patří k prvním iniciativám s otevřeným zdrojovým kódem, které byly vyvinuty v reakci na COVID-19 v lednu.
Vývojáři čerpali data z DXY.cn, platformy, kterou používali čínští lékaři pro hlášení a sledování případů. Vytvořili webového prohledávače, který shromažďoval data z webových stránek a zpřístupňoval je prostřednictvím API a datového úložiště. Kód je dostupný na Githubu.
Open Data Kit
Open Data Kit (ODK) není zcela novým řešením. Již dříve byl nasazen během propuknutí eboly v západní Africe v roce 2004 a během nedávného propuknutí v Demokratické republice Kongo v roce 2019.
Hlavně pomáhá uživatelům při sběru, správě a využití dat během sledování kontaktů, strategického mapování, při podpoře rozhodování, zvyšování povědomí komunity a managementu případů.
Komunita ODK ještě více pokročila ve využití v reakci na COVID-19 tím, že v rámci nasazení zpřístupnila formulář pro hlášení. Tento formulář je navržen v souladu s protokolem Světové zdravotnické organizace pro vyšetřování případů, sledování a vyšetřování kontaktů.
Vedoucí vývojáři navíc nabízí bezplatnou podporu každé organizaci, která ODK implementuje v souvislosti s reakcí na COVID-19.
Nextstrain
Nextstrain sleduje vývoj patogenů. V minulosti se používal k odhalování rodinné anamnézy onemocnění, což umožnilo předvídat jeho průběh.
S úspěchem byl nasazen během předchozích epidemií, například eboly. Díky genetickým údajům od Globální iniciativy pro sdílení všech údajů o chřipce (Gisaid) je Nextstrain využíván i v boji proti COVID-19.
DHIS2
Možná již znáte DHIS2. Jde o nejrozsáhlejší světový systém pro správu zdravotnických informací, používaný ve více než 70 zemích. V reakci na COVID-19 DHIS2 vydala digitální datový balíček, který urychluje odhalování infekce, hlášení, sledování a léčbu nemoci.
Digitální datový balíček DHIS2 využívá standardní metadata v souladu s protokolem WHO pro definici případů COVID-19 a sledování, což umožňuje rychlé nasazení a efektivní reakci.
Pikobar Západní Jáva
Indonéské informační a koordinační centrum pro nemoci a katastrofy je krizové centrum, které bylo založeno za účelem zmírnění a reakce na COVID-19 v provincii Západní Jáva v Indonésii.
Digitální služba Jabar v rámci své odpovědi vyvinula webový nástroj a aplikaci s otevřeným zdrojovým kódem, která uživatelům umožňuje přístup k nejnovějším údajům o COVID-19.
OpenMRS
OpenMRS je systém péče o pacienty, který je rozšířený v mnoha rozvojových zemích po celém světě. Díky flexibilitě systému OpenMRS jej země, jejichž zdravotnické zdroje byly napjaté, mohou využívat pro sledování, screening a léčbu COVID-19.
Systém jim může pomoci rozšířit jejich kapacity poskytnutím přístupu k vědecky podloženým informacím o řešení krize.
OpenLMIS
Projekt OpenLMIS využívá komunitně zaměřený přístup k vývoji open-source a nastavitelného informačního systému pro řízení logistiky. Systém OpenLMIS se snaží zlepšit přesnost dat, zvýšit odpovědnost, zlepšit jejich aktuálnost a viditelnost.
Systém OpenLMIS se snaží vylepšit dodavatelské řetězce ve zdravotnictví, inventář lékařských zdrojů, aby poskytoval jasný přehled o dostupných zdravotnických materiálech, včetně testovacích sad a OOP (osobních ochranných prostředků). Tento nástroj může být efektivně nasazen pro podporu osob s rozhodovací pravomocí při přidělování zdrojů v reakci na COVID-19.
Healthsites
Globální projekt mapování zdravotnických míst je iniciativa, jejímž cílem je zmapovat všechna zdravotnická zařízení na světě a zpřístupnit informace o každé nemocnici. Údaje o zdravotnických zařízeních jsou dostupné prostřednictvím API.
Díky spolupráci s uživateli tým healthsites.io zachycuje a ověřuje umístění a kontaktní údaje každého zdravotnického zařízení a volně je zpřístupňuje pod licencí Open Data License.
SORMAS
SORMAS (Systém pro řízení a analýzu odezvy na vypuknutí dozoru) je mobilní systém elektronického zdravotnictví s otevřeným zdrojovým kódem, který byl nasazen k implementaci kontroly nemocí a postupů pro řízení ohnisek nákazy.
Byl efektivně nasazen v několika zemích, včetně Ghany, Nigérie, Nepálu a Fidži, pro sledování a včasné odhalování COVID-19.
SORMAS je bezplatný systém s otevřeným zdrojovým kódem, který dodržuje standardy ochrany dat.
Tokio COVID-19
Na rozdíl od mnoha jiných měst a vlád, Tokijská metropolitní vláda vyvinula web s otevřeným zdrojovým kódem, který informuje občany o COVID-19. Díky open-source charakteru webu přispělo k jeho vývoji více než 200 uživatelů. Tři další města, Chiba, Nagano a Fukuoka, na základě něj znovu vytvořila své webové stránky.
OpenELIS
Účelem zdravotnického systému OpenELIS je vylepšení zdravotní péče prostřednictvím progresivního, standardizovaného laboratorního informačního systému pro správu, který mohou využít různé zdravotnické iniciativy k zlepšení možností léčby.
Propuknutí COVID-19 představuje celosvětovou výzvu v oblasti sledování kontaktů a hromadného testování podezřelých případů. Systém OpenELIS lze účinně nasadit v boji proti COVID-19, pro usnadnění sledování laboratorních testů a jejich výsledků.
Community Health Toolkit je sbírka nástrojů s otevřeným zdrojovým kódem a také zdrojů s otevřeným přístupem, jejichž cílem je vytvářet a implementovat digitální nástroje pro použití v iniciativách komunitního zdraví v oblastech, které jsou obtížně dostupné.
Komunita vývojářů Community Health Toolkit se zmobilizovala, aby vyvinula nástroje a zdroje, které mají za cíl podpořit komunitní zdravotnické pracovníky v boji proti COVID-19.
CHIME
Model dopadu nemocnice na epidemie COVID-19 (CHIME) je open-source aplikace, kterou vyvinuli datoví vědci z Penn Medicine – University of Pennsylvania. Jedná se o online nástroj, který umožňuje nemocnicím předvídat dopady viru na zdroje zdravotní péče.
Je vyvíjen s využitím Pythonu a závislosti na open-source knihovně pandas.
Mapa péče o COVID
Mapa péče o COVID pomáhá mapovat existující zdroje zdravotní péče a předvídat nedostatky v nemocničních lůžkách, ventilátorech, zdravotnickém materiálu a personálu. Veškeré metody, nástroje pro zpracování dat, vizualizace a zdrojový kód jsou zdarma a s otevřeným zdrojovým kódem.
Projekt COVID Care Map usiluje o předvídání a reakci tak, aby poskytl podporu pro efektivní péči o rychle rostoucí počet nakažených COVID-19 a osoby, které vyžadují intenzivní péči.
Locale.ai
Locale.ai vytvořilo interaktivní vizualizaci všech potvrzených případů COVID-19 na celém světě s otevřeným zdrojovým kódem. Dotazuje se na open-source datovou sadu z John Hopkins University.
Locale.ai vyvinulo webovou vizualizaci COVID-19 s použitím Vue.js, což je oblíbený framework, který umožňuje vývojářům vytvářet moderní webové aplikace.
COVID-19 po celém světě
Tato aplikace využívá vizualizaci mapy ke sledování šíření COVID-19, potvrzených případů a vývoje nemoci po celém světě. Využívá data od John Hopkins CSSE.
Sledovač koronaviru
Jedná se o aplikaci Shiny vyvinutou Johnem Coene. Sleduje šíření COVID-19 s využitím dat od Johna Hopkinse, DXY dat a Weixinu. Aplikace zobrazuje počty podezřelých, potvrzených a vyléčených případů podle času a regionu. Kód je dostupný na Githubu.
Globální případy COVID-19
Globální případy COVID-19 je aplikace Shiny, kterou vyvinul Christoph Schoenenberger a která ukazuje vývoj COVID-19 na mapě, grafech, souhrnných tabulkách a obrázcích. Jeho kód je dostupný na Githubu.
Vlády a COVID-19
Toto je aplikace Shiny vyvinutá Sebastianem Engel-Wolfem. Mapuje exponenciální růst COVID-19, počet dní pro zdvojnásobení infekcí, potvrzené případy, úmrtnost a počet potvrzených případů na 100 000 lidí v různých regionech. Kód je dostupný na Githubu.
Závěrem
Komunita open source reagovala na pandemii COVID-19 rychlým a účinným způsobem. Bylo vybudováno a stále se vytváří velké množství projektů s cílem bojovat proti šíření této nemoci. Tento text popsal jen některé z nich. Stále není jasné, jak se bude nemoc vyvíjet v následujících týdnech. Je jisté, že další projekty, které budou využívat stávající open-source technologie, si v boji proti této nebezpečné nemoci najdou své místo.
Buďte v bezpečí!
Článek Dr. Michaela J. Garbadea, CEO, Education Ecosystem