20 nástrojů s otevřeným zdrojovým kódem může pomoci při výzkumu COVID-19

Vlády, vědci a výzkumné instituce využívají technologie a inovace k boji proti COVID-19.

Byly vyvinuty nástroje s otevřeným zdrojovým kódem a některé jsou nadále testovány, aby podpořily úsilí vynaložené na minimalizaci následků tohoto smrtícího viru.

Řada nástrojů s otevřeným zdrojovým kódem je již zavedena a pomáhají výzkumníkům dozvědět se o nemoci, identifikovat šíření, předcházet šíření a minimalizovat další šíření a úmrtí. Řada projektů je k dispozici na Ekosystém vzdělávání který popisuje, jak používat různé nástroje.

Tento článek se zabývá některými open source nástroji a knihovnami, které se používají při monitorování, prevenci a omezení, diagnostice a léčbě COVID-19.

Sledovací mapa COVID-19

V lednu zahájilo Středisko systémové vědy a inženýrství JHU a Globální mapa sledování COVID-19 který se rychle stal mezinárodně důvěryhodným zdrojem dat o vyvíjející se pandemii v reálném čase.

Mapa je open source a byla používána k podpoře výzkumu a vizualizace špičkovými mediálními organizacemi, malými organizacemi a místními samosprávami.

DXY-COVID-19-Crawler

DXY-COVID-19-Crawler je jedním z prvních open source projektů vyvinutých pro reakci na COVID-19 v lednu.

Vývojáři využili data z DXY.cn, stránky, kterou používali čínští lékaři k hlášení a sledování případů. Vyvinuli webový prohledávač, který shromažďoval data z webu a zpřístupňoval je prostřednictvím API a datového skladu. Kód je k dispozici na Github.

Otevřete sadu dat

Open Data Kit (ODK) není nový nástroj. Byl použit již dříve během propuknutí eboly v západní Africe v roce 2004 a nedávného propuknutí v Demokratické republice Kongo v roce 2019.

Pomáhá uživatelům především shromažďovat, spravovat a používat data při sledování kontaktů, strategickém mapování, podpoře rozhodování, zvyšování citlivosti komunity a řízení případů.

Komunita ODK dále pokročila v jeho používání v reakci na COVID-19 tím, že ve svých nasazeních zpřístupnila formulář pro hlášení. Formulář je navržen v souladu s protokolem Světové zdravotnické organizace pro vyšetřování případů a sledování a vyšetřování kontaktů.

Vedoucí vývojáři také nabízejí bezplatnou podporu pro jakoukoli organizaci, která nasadila ODK v reakci na COVID-19.

  Jak zjistit, zda někdo četl vaši zprávu na WeChat

Další kmen

Další kmen sleduje vývoj patogenů. Dříve se používal ke zjišťování rodinné anamnézy onemocnění, což umožnilo predikci progrese onemocnění.

Úspěšně se používal při předchozích epidemiích, jako je ebola. Prostřednictvím genetických údajů od Globální iniciativy pro sdílení všech údajů o chřipce (Gisaid) se Nextxtrain používá k boji proti COVID-19.

DHIS2

Asi už víte DHIS2. Je to největší světový systém pro správu zdravotnických informací. Používá se ve více než 70 zemích. V rámci reakce na COVID-19 vydala DHIS2 balíček digitálních dat, který urychluje detekci infekce, hlášení, sledování a léčbu nemoci.

Balíček digitálních dat DHIS2 využívá standardní metadata, která jsou v souladu s protokolem WHO o definici případu COVID-19 a sledování, aby umožnila rychlé nasazení a reakci.

Pikobar Západní Jáva

Indonéské informační a koordinační centrum pro nemoci a katastrofy je krizové centrum vytvořené za účelem zmírnění a reakce na COVID-19 v provincii Západní Jáva v Indonésii.

Digitální služba Jabar vyvinula jako součást odpovědi open-source webový nástroj a aplikace která uživatelům umožňuje přístup k nejnovějším údajům o COVID-19.

OpenMRS

OpenMRS je systém péče o pacienty používaný v mnoha rozvojových zemích po celém světě. Díky flexibilitě Systém OpenMRSzemě, které měly své zdravotnické zdroje napjaté, jej mohou využít pro sledování, screening a léčbu COVID-19.

Systém jim může pomoci rozšířit jejich kapacitu tím, že jim poskytne přístup k vědecky podloženým informacím o řešení krize.

OpenLMIS

The Projekt OpenLMIS využívá taktiku zaměřenou na komunitu k vývoji open-source a nastavitelného informačního systému pro řízení logistiky. Systém OpenLMIS se snaží zlepšit přesnost dat, zvýšit odpovědnost, zlepšit aktuálnost dat a viditelnost.

Systém OpenLMIS se snaží zlepšit dodavatelské řetězce zdraví, inventář lékařských zdrojů, aby poskytl jasný obraz o dostupném zdravotnickém materiálu, včetně testovacích sad, a OOP (osobní ochranné prostředky). Tento nástroj lze efektivně nasadit na podporu osob s rozhodovací pravomocí při přidělování zdrojů v reakci na COVID-19.

Healthsites

The Globální projekt mapování zdravotních míst je projekt zaměřený na zmapování každého zdravotnického zařízení na světě a zpřístupnění detailů každé nemocnice. Údaje o zdravotnických zařízeních byly zpřístupněny prostřednictvím API.

Díky spolupráci s uživateli tým healthsites.io zachycuje a ověřuje umístění a kontaktní údaje každého zdravotnického zařízení a zpřístupňuje data volně a zpřístupňuje je prostřednictvím Open Data License.

  Opravte problémy se selháním ověřování Archeage

SORMAS

SORMAS (Systém pro řízení a analýzu odezvy na vypuknutí dozoru) je mobilní systém elektronického zdravotnictví s otevřeným zdrojovým kódem. Byl nasazen k provádění kontroly nemocí a postupů řízení ohniska.

Byl účinně nasazen v několika zemích, včetně Ghany, Nigérie, Nepálu a Fidži, pro sledování a včasnou detekci COVID-19.

SORMAS je bezplatný systém s otevřeným zdrojovým kódem, který se řídí standardy ochrany dat.

Tokio COVID-19

Na rozdíl od mnoha jiných měst a vlád, Tokijská metropolitní vláda vyvinula web s otevřeným zdrojovým kódem, který informuje své obyvatele o COVID-19. Díky tomu, že je web open source, zaznamenal příspěvky od více než 200 uživatelů. Tři další města, Chiba, Nagano a Fukuoka, znovu vytvořila webové stránky.

OpenELIS

Účelem Zdravotní systém OpenELIS je zlepšit zdravotní péči poskytováním progresivního, na standardech založeného laboratorního informačního systému řízení, který mohou využívat různé zdravotnické iniciativy ke zlepšení možností léčby.

Propuknutí COVID-19 představuje celosvětovou výzvu v oblasti sledování kontaktů a hromadného testování podezřelých případů. Systém OpenELIS lze efektivně nasadit v boji proti COVID-19 pro usnadnění sledování laboratorních testů a výsledků.

The Community Health Toolkit je sbírka nástrojů s otevřeným zdrojovým kódem a také zdrojů s otevřeným přístupem, jejichž cílem je vytvářet a zavádět digitální nástroje pro použití v iniciativách komunitního zdraví v oblastech, které jsou těžko dostupné.

Komunita vývojářů Community Health Toolkit se zmobilizovala, aby vyvinula nástroje a zdroje, které mají za cíl podporovat komunitní zdravotnické pracovníky v boji proti COVID-19.

ROZEZNÍT

The Model dopadu nemocnice na epidemie COVID-19 (CHIME) je open-source aplikace vyvinutá datovými vědci z Penn Medicine – University of Pennsylvania. Jde o online nástroj, který umožňuje nemocnicím předvídat dopad viru na zdroje zdravotní péče.

Je vyvíjen pomocí Pythonu a závislosti na open-source pandas.

Mapa péče o COVID

The Mapa péče o COVID pomáhá při mapování již existujících zdrojů zdravotní péče a při předpovídání mezer v nemocničních lůžkách, ventilátorech, zdravotnickém materiálu a personálním obsazení. Všechny metody, nástroje pro zpracování dat, vizualizace a zdrojový kód jsou bezplatné a open source.

Projekt COVID Care Map se snaží předvídat a jednat tak, aby přivolal podporu pro efektivní péči o rychle rostoucí počet infekcí COVID-19 a osoby, které potřebují intenzivní péči.

  Je skutečně špatné mít otevřených 100 karet prohlížeče?

Locale.ai

Locale.ai vyvinul open source interaktivní vizualizaci všech potvrzených případů COVID-19 po celém světě. Dotazuje se na open-source datovou sadu z John Hopkins University.

Locale.ai vyvinul Web s vizualizací COVID-19 pomocí Vue.js, což je populární framework, který umožňuje vývojářům vytvářet moderní webové aplikace.

COVID-19 po celém světě

Tato aplikace využívá mapovou vizualizaci ke sledování šíření COVID-19, potvrzených případů a vývoje nemoci po celém světě. Využívá data z John Hopkins CSSE.

Sledovač koronaviru

Toto je aplikace Shiny vyvinutá Johnem Coene. Sleduje šíření COVID-19 pomocí dat od Johna Hopkinse, DXY dat a Weixin. Aplikace zobrazuje počet podezřelých, potvrzených a obnovených případů podle času a regionu. Kód je k dispozici na Github.

Globální případy COVID-19

Globální případy COVID-19 je aplikace Shiny vyvinutá Christophem Schoenenbergerem, která ukazuje vývoj COVID-19 na mapě, grafech, souhrnných tabulkách a obrázcích. Jeho kód je k dispozici na Github.

Vlády a COVID-19

Toto je aplikace Shiny vyvinutá společností Sebastian Engel-Wolf. Mapuje exponenciální růst COVID-19, dny do zdvojnásobení infekcí, potvrzené případy, úmrtnost a počet potvrzených případů na 100 000 lidí v různých regionech. Kód je k dispozici na Github.

Zabalit se

Komunita open source rychle a efektivně zareagovala na pandemii COVID-19. V boji proti šíření nemoci bylo vybudováno a nadále budováno mnoho projektů. Tento článek popisuje některé z projektů. Stále panuje nejistota, jak se bude nemoc v následujících týdnech vyvíjet. Více projektů, které dokážou využít stávající open-source technologie, najde místo v boji proti této smrtelné nemoci.

Zůstat v bezpečí!

Článek Dr. Michaela J. Garbadea, CEO, Education Ecosystem

x